Существующие гипотезы — ни одна из них, впрочем, не может быть признана достаточно убедительной — можно разделить на две группы. Гипотезы первой группы, из которых наиболее  известна  гипотеза  Гегенбауэра об  архиптеригиях, выводят происхождение парных плавников рыб из жаберных дуг или из внешних жабр (гипотеза Керра). Из второй группы наиболее известна метаплевральная гипотеза, которой придерживаются большинство специалистов. Она объясняет происхождение парных плавников из сплошного плавника, подобного плавнику (метаплевре) современного ланцетника. По метаплевральной гипотезе, примитивные позвоночные обладали сплошными кожными складками по бокам тела в виде плавников, которые соединялись за анальным отверстием и выглядели примерно так, как плавниковая оторочка современных миног. Позднее, при расчленении этой оторочки, которая поддерживалась роговыми лучами, возникли непарные (спинной, хвостовой и анальный) и парные (грудные и брюшные) плавники. Плавники поначалу также укреплялись роговыми лучами, но со временем в них образовался настоящий скелет. Такое логическое объяснение подкрепляется и находками уже упомянутых вымерших силурийских акантод, которые именно по линии предполагаемых боковых кожных складок между грудными и брюшными плавниками имели еще несколько рядов мелких плавничков (Climatius, Eutha-canthus, Parexus и др.).
Рыбы развивались очень быстро и уже к середине девона (примерно 370 миллионов лет назад) стали доминирующими животными пресных вод. Одной из важных групп с точки зрения развития всего типа были кистепе-рые рыбы: ветвь ее — рипидистиеобразные (Rhipidistia) — дала начало наземным позвоночным. Самые распространенные рыбы в девоне, кистеперые в конце палеозойской эры исчезли и до недавних пор считались полностью вымершими. Только в конце 1938 года у южного побережья Африки был обнаружен представитель другой их ветви — целакантообразных (Actinistia). Найденная двоякодышащая рыба (Latimeria chalumnae) стала как бы живым ископаемым. Как и у всех двоякодышащих рыб, в строении основной части плавников латимерии прослеживаются зачатки будущей кисти.